龟头长肉芽的疾病原因可见于病毒感染。常发生于无保护的性行为后，受到性伴侣生殖道内人乳头瘤病毒感染，可在龟头部位形成较为特征性的菜花样肉芽外观。
也跟卫生护理不好有关，导致龟头部位大肠杆菌等致病菌滋生繁殖，局部炎性增生引起肉芽样外观表现。
另外，龟头部位非疾病因素导致的肉芽生成，跟个体的生理性变异有关，常见于珍珠疹生长，可持续存在，外观无变化并且无疼痛、瘙痒等异常感觉，对日常生活不会造成影响。包皮垢长时间刺激也可引起肉芽样生长。