先天性心脏病会并发脑血管疾病，脑脓肿以及脑血栓都是先天性心脏病的并发症。先天性心脏病患者如果不能及时治疗，容易因为长期缺氧而导致红细胞增多，血液浓稠形成脑血栓。
先天性心脏病的并发症除了脑血管疾病以外，患者还非常容易出现肺炎以及咳嗽的情况，另外，患者如果出现血液供应不足的情况，会导致心力衰竭的问题出现。
对于先天性心脏病需要及时治疗，特别是严重的先天性心脏病，需要根据缺损的程度采用手术的方式来治疗，在疾病治愈之后还需要定期复查。