单纯性肾囊肿的治疗要根据患者囊肿的大小、数目、肾功能，有无并发症以及患者的年龄、身体状况不同采取不同的治疗方案。通常肾囊肿治疗的方法，主要包括保守治疗和手术治疗。
1、保守治疗，大多数患者在保守治疗阶段不必要改变生活方式和限制活动，但是要注意防止腹部损伤，避免剧烈运动，以免出现肾囊肿破裂，避免感染。对于直径≤4厘米，无肾实质明显受压、无感染的肾囊肿患者，如果症状不明显，也不主张手术治疗，而是采取超声定期随访、密切观察。一旦出现继发感染时，由于抗生素能够穿透囊壁，进入囊腔，可以首先选用抗生素治疗，无效时可以考虑穿刺引流或者手术切除。
2、手术治疗，主要是B超或CT引导下进行肾囊肿穿刺术。也可以采取开放手术囊肿去顶减压或者腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这些手术方法疗效显著。