有肠道毛滴虫这种疾病最容易并发的是肝脏毛滴虫感染和胆囊毛滴虫感染这两种疾病。在这期间有极个别的患者，特别是女性会容易诱发毛滴虫性阴道炎，或者是毛滴虫性尿道炎的可能性。
这种疾病属于是厌氧菌感染，在发病期间，需要注意卫生，注意清洗，饮食方面也需要注意不要吃生冷的瓜果之类的，避免导致感染症状的发生。在发病期间需要用抗厌氧菌的药物、甲硝唑或者是替硝唑，这一类的药物进行对症治疗，才能够缓解病情。