男孩阴茎上有疙瘩通常与皮肤炎症和性病有关，需要鉴别诊断并给予针对性治疗。
如果阴茎上的疙瘩伴有红肿、疼痛等表现，应先考虑炎症导致。而阴茎皮肤炎症的发生与阴茎皮肤卫生条件差，以及自身免疫力降低有关。这种情况下患者应接受消炎治疗，通常外用消炎药物治疗即可，金霉素或红霉素软膏是很好的消炎药物，莫匹罗星软膏以及复方多粘菌素B软膏也可选用。
如果患者有性生活史且性伴侣较多时，需要考虑到性病可能，如尖锐湿疣等。这种情况下患者需要做好自我隔离，并及时到泌尿外科及性病科就诊，明确诊断后给予针对性治疗。