功能性下丘脑闭经是指中枢神经系统及下丘脑各种功能和器质性疾病引起的闭经，以功能性的原因为主。此类闭经的特点是下丘脑合成和分泌 GnRH缺陷或者下降导致垂体促性腺激素,即卵泡刺激素,特别是黄体生成素的分泌功能低下，不属于低促性腺激素性闭经，治疗及时尚可逆转。
继发性的功能性下丘脑闭经有以下原因:
1、精神应急:突然或者长期精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度劳累、情感变化、寒冷等均可能引起神经内分泌障碍而导致闭经。
2、体重下降和神经性厌食:中枢神经对体重急剧下降极为敏感，一年内体重下降10%左右，即使仍在正常范围，也可引发闭经。
3、运动型闭经:长期剧烈运动或者芭蕾舞、现代舞等训练易导致闭经，与患者的心理背景、应急反应程度及体脂下降有关。
4、药物性闭经:长期应用甾体类避孕药及某些药物，可引起继发性闭经。
5、颅咽管瘤:瘤体增大可压迫下丘脑和垂体柄引起闭经、生殖器萎缩、肥胖、颅内压增高、视力障碍等症状，也称为肥胖生殖无能营养不良症。