先天性的输卵管堵塞如果是指原发性的输卵管堵塞的，要看输卵管堵塞的严重程度。
一般需要先子宫输卵管造影了解子宫形态正常，输卵管堵塞的程度及部位，如堵塞可以行输卵管手术，恢复其输卵管通畅性，在恢复输卵管通畅性同时，还必须评估输卵管功能，如果输卵管无明显功能，即便输卵管通畅，怀孕计划也极低。
在子宫及卵巢都发育较好的情况下，建议行试管婴儿成功率会更高。对先天性输卵管发育畸形引起的输卵管堵塞，必须先要了解子宫发育正常、卵巢发育正常，一般先天性输卵管异常，手术治疗效果差，考虑试管婴儿更好。