目前子宫瘢痕妊娠的发病机制尚未明了，但通常认为可能是受精卵通过子宫内膜和剖宫产瘢痕间的微小管道着床在瘢痕组织中，其后孕囊由瘢痕组织的肌层和纤维组织包绕，完全与子宫腔隔离。
而目前认为除了剖宫产以外，其他的子宫手术也可以形成子宫内膜和手术瘢痕间的微小间隙，比如刮宫术以及子宫镜手术等。
剖宫产手术后，子宫瘢痕处内膜与肌层破坏以及瘢痕愈合不良，是剖宫产子宫瘢痕妊娠的诱发因素。剖宫产次数增加臀先露剖宫产以及缝合技术等因素都与斑痕妊娠的发生有关，除了剖宫产所反复的人流、宫腔镜等宫腔操作子宫肌瘤剔除术试管婴儿等辅助生殖技术都可能让子宫不同程度的受伤，这样也会形成子宫内的斑痕妊娠。