生殖器畸形导致的不育是否能够进行试管，主要取决于睾丸的生精功能是否正常。一般情况下，只要睾丸的生精功能正常，能够生产出正常的精子，都是可以进行试管婴儿的。
如果不育是由于不能正常性交造成的，但阴茎能够正常的射出正常的精液，可以通过体外射精的方式获取精子，完成体外受精。如果不育是由于不能射精造成的，但是睾丸的生精功能正常，可以通过睾丸活检获取正常的精子，通过人工处理后，完成体外受精。
但是，如果睾丸的生精功能受损，不能产生精子，或者产生的精子不正常，则不能进行试管。因为试管的成功率很低，而且既使试管成功，胎儿的畸形率或者流产率都很高。