月经呈咖啡色块状的病因，需要根据出现的时间等因素，综合分析判断。
如果是来月经的前1~2天内，或者月经快结束的最后1~2天内，经血颜色呈咖啡色并且出现块状。是因为经血量少，经血在宫腔内或者阴道内停留时间比较长，经过氧化作用后变成了咖啡色，并且凝集成块状，属于正常生理现象。
如果在整个月经期经血量少，经血颜色呈咖啡色块状，就可能是因为患有某种妇科炎症，比如子宫内膜炎或者阴道炎，以及怀孕后出现先兆流产出现的症状。