矮小症和胃肠道的疾病有一定的关系，还和其他的疾病有联系，比如和肾脏疾病、内分泌疾病、血液疾病、慢性肝脏疾病、心脏病、恶性肿瘤等有很大的关系。
因为营养对于小儿的发育是比较重要的，当出现严重疾病时会消耗能量，造成儿童的生长障碍，所以身高低于正常的水平，出现了矮小症。
内分泌的疾病可能会影响到生长激素的分泌，导致小儿的身材比较矮小，另外甲状腺激素能够调节身体代谢，如果缺乏了这项激素，也会影响到孩子的生长发育。