腹泻主要的原因有感染、中毒，药物也是引起腹泻的一个原因。
很多病原体都可以引起肠道的感染，比如细菌、病毒或寄生虫。有害的病原体会对肠道造成刺激，导致肠道黏膜的通透性增加，进入肠道的水分过多，患者就会表现为腹泻。中毒也会导致腹泻，最常见的为食物中毒，比如未加工成熟的豆角。农药和重金属中毒也可以导致腹泻。临床上有很多药物也可以导致腹泻的症状，比如泻药。
发生腹泻的患者要仔细的查找原因，同时给予对症治疗，防止出现脱水和电解质紊乱。