肾囊肿的症状与肾囊肿的严重程度密切相关。如肾囊肿较小，对周围正常的肾脏组织无影响时，患者通常无明显的不适症状。
如果肾脏有较大的多发的囊肿或者巨大的单发肾囊肿，可压迫囊肿周围的肾脏正常组织，从而影响到肾脏的血液循环，甚至导致肾脏组织缺血坏死。此时会有慢性肾功能衰竭的相关表现，如蛋白尿、尿量减少、脸色灰暗、肾功损害等。而且巨大的肾脏囊肿会使包膜张力增大，出现患侧肾区疼痛，可在患侧腰部触及包块。
当患有肾囊肿时，需要及时到泌尿外科就诊，完善肾脏彩超、肾功能等相关检查，综合评估病情，予以判断是否需要立即予以治疗。如肾囊肿较小，且患者无明显不适症状，则暂时不需要特殊治疗。若囊肿巨大，同时伴有肾功能损害及其他严重不适症状，则需要立即予以手术治疗，以保护肾脏组织，改善肾功能损害。