牙龈瘘管可以通过局部上药，服用抗菌药物、根管治疗术等方式治疗。
1.局部上药。细菌感染可引起牙周炎，细菌毒力较强者，可能会引起牙周脓肿，脓肿穿破后可在牙龈根部形成瘘管。可以去医院用3%的过氧化氢溶液局部冲洗，清洗脓液，然后局部用碘甘油，碘因子具有杀菌之效，从而消除炎症，促进瘘管愈合。
2.服用抗菌药物。牙髓组织与根尖周组织通过根尖孔紧密相连，牙髓发生炎症可引起根尖周炎，细菌侵袭周围组织可以形成牙龈瘘管，可以服用抗菌药物，如甲硝唑、替硝唑、头孢拉定等，杀灭细菌，消除炎症，瘘管可慢慢愈合。
3.根管治疗术。当牙髓根尖周病病变范围大或者不可逆时，可以采取根管治疗术，清除根管内的感染，修复缺损，从而消除炎症，修补瘘管。