骨筋膜室综合征和脂肪栓塞的区别在发病机制和治疗都有很大的区别。
骨筋膜室综合征主要是由于局部的组织受到挤压以后，血液循环障碍而导致的一种急性损伤性疾病，主要是以局部的症状为主，表现为损伤部位的肿胀疼痛，严重的影响正常的功能和活动。而脂肪栓塞的发生主要是由于骨折以后髓腔内脂肪进入血管而引起，往往可以引起肺部和脑部的损伤，主要是以全身症状为主，可以导致呼吸困难及意识丧失。
在治疗方面骨筋膜室综合征，通过积极的采取手术减压以及外用或者口服药物治疗，局部的水肿结束之后，症状可以得到有效的控制，即使没有得到控制，也只是局部发生了坏死，不会导致全身的病变。而脂肪栓塞往往比较凶险，容易引起呼吸功能障碍，治疗往往比较困难，容易引起比较严重的并发症和后遗症。