大多数的肛瘘可以用手摸出来，因为大多数的肛瘘为低位肛瘘，以经括约肌间型的肛瘘最为多见。
如果肛瘘已经形成条索状瘘管，也就是由于慢性的炎症刺激瘘管周围组织已经形成纤维化，此时就可以在肛门周围皮下摸及条索状的肿物，并且是从外口走向肛门。
但是少部分的高位肛瘘，由于瘘管自外口向深部组织走行，所以并不能在肛门周围摸及条索状肿物，就需要借助其他的辅助检查来明确瘘管的走行，例如腔内超声、磁共振检查以及瘘管造影等。