病毒感染症状主要是疱疹性咽峡炎症状，常以突然高热开始，伴严重咽痛、吞咽困难、唾液分泌增多、胃纳减退、乏力等，约1/4患儿有呕吐及腹痛，有时有头痛，但全身肌痛则不显著。
除咽痛外，其他呼吸道症状如鼻炎、咳嗽等均少见，惊厥偶见。
无菌性脑膜炎，典型病例起病突然，或先有数小时寒颤、高热，然后出现剧烈前额及眼球后痛，热型不规则，可有双相热、疲乏、嗜睡、肌痛、恶心及呕吐，常有咽炎和上呼吸道感染表现，较少见的症状为怕光、耳鸣、眩晕、腹痛、胸痛和感觉异常，部分病例同时有皮疹，脑膜炎刺激征常在起病1～3天后变得明显，但远较化脓性脑膜炎为轻。