对于阴茎离断伤一般通过医生的体格检查，都可以做出明确诊断。因此并不需要进行特殊的鉴别，主要是需要找出患者是由于何种原因导致的阴茎离断伤，比如是锐器切割，那么创缘较为整齐，一般可以及时进行再植吻合。
如果是被动物咬伤、咬断，那么创缘不整齐，甚至还需要进行狂犬病疫苗的注射，以及患者有精神分裂疾病，那么需要进行精神科的会诊，同时控制精神症状。
对于阴茎离断伤一般都是由于外界暴力因素所致，那么还需要检查阴囊和睾丸以及其他并发症的存在。如果存在阴囊和睾丸损伤，也需要在手术当中同时进行修补。