肺泡通气低下综合征的治疗是综合性的治疗，包括吸氧、机械通气、呼吸兴奋剂的应用。其中药物治疗方面主要有以下几点：
一、对症支持治疗，对于咳嗽、咳痰、气喘的患者，可给予止咳、化痰、平喘治疗。
二、是呼吸兴奋剂的应用，主要包括阿米三嗪、乙酰唑胺以及茶碱类的药物，其中阿米三嗪可作用于颈动脉体周围感受器，增加机体对低氧血症的通气反应，可以使得患者在清醒和睡眠期间改善气体交换。乙酰唑胺可以通过促进利尿排出碳酸氢盐，产生代谢性的酸中毒，因而可增加通气的反应。而茶碱类药物可以改善患者心功能，增加中枢系统对缺氧的反应，降低和改善低氧血症的情况。