对于变形杆菌食物中毒的患者，首先会起病相对较急，尤其是年轻的患者，通常潜伏期是四到十六个小时，患者就会有明显的胃肠型的症状表现，会有恶心、反酸、烧心、呕吐。严重时会有喷射样的呕吐，伴随着腹痛，腹痛时是以肚脐周围的绞痛为主要的典型临床症状。
往往还伴随着腹泻，腹泻时会有吸水样便和粘液脓血样便，同时会有头晕、头痛等现象。对于严重的变形杆菌食物中毒患者会出现典型的水样腹泻，一天会有数次，甚至十多次的腹泻，患者会有明显的脱水貌、周身乏力、眼窝凹陷等临床症状。
因此一旦有上述的症状，必须快速到医院进行诊断和鉴别。