运动神经元病和腓骨肌萎缩症的区别如下：
1.病因。运动神经元病的病因至今未明，可能考虑与基因缺陷有关，重金属中毒也可能引起神经元的损害。腓骨肌萎缩症的主要病因是和遗传因素有关。
2.特点。运动神经元病的特点是上下运动神经元都会受累，部分患者会出现延髓麻痹的症状。腓骨肌萎缩的主要临床特点为双下肢呈倒立酒瓶状或鹤立腿、肌无力、肌萎缩。
3.治疗。运动神经元病没有特殊的药物治疗，临床上目前主要采取对症和支持治疗，如抗氧化的药物、营养神经的药物等。腓骨肌萎缩症没有特殊的治疗，以对症支持治疗为主，有畸形的可以穿矫形鞋。