引起头顶阵痛的原因有很多。
如果头顶阵痛的患者伴随有喷射性呕吐，视物模糊的临床表现，并且有颈强直的体征，是需要考虑颅内病变的。例如颅内占位性病变、颅内感染、颅内脓肿、急性脑出血、急性大面积脑梗死等疾病，就可以导致颅内压力增高，从而引起上述症状。
如果头顶阵痛的患者伴随有颈部酸痛、上肢麻木的现象，需要考虑是由于颈椎病所致，这可以通过药物以及中医理疗改善症状。平时日常生活中可以多做颈椎操，不要总是处于低头的状态，注意颈椎的保护，即可改善症状。
另外，生理性的因素也可以出现上述现象，例如情绪过度紧张，过度劳累，休息不好。