临床上急性附睾炎如果治疗不及时，约有5%的病例可以发展成阴囊脓肿，或者是睾丸梗死。大部分病人经过及时有效的治疗一般一到两周之内症状消失，但是需要四到六周的时间附睾的大小硬度才能逐渐恢复正常，部分病例愈合后仍然留有附睾硬结。
少数病人附睾炎症会迁延不愈转成慢性附睾炎，双侧附睾炎可能引起不育，原因可能由于以下因素有关，附睾炎累积到的睾丸，可能引起睾丸萎缩以及神经功能的破坏，附睾管的堵塞引起梗阻性无精子症，附睾睾丸炎会诱导抗精子抗体，从而出现自身免疫性不育。