附睾炎的治疗首先需要及时的应用抗生素抗感染治疗，常用广谱的抗生素治疗，在应用抗生素治疗之前，应该尽量留取细菌培养以及药物敏感实验，可以根据结果来指导敏感的抗生素对症治疗。
附睾炎在发作时会有炎性的渗出，所以在发病的早期可以用冰袋冷敷阴囊，待病情稳定之后再改用热敷促进吸收。附睾炎发作的时候尽量卧床休息，减少活动，可以用毛巾抬高阴囊。
中医中药对于附睾炎的治疗也有较好的疗效，可以在应用抗生素治疗的同时联合应用中药治疗。如果附睾炎引起了脓肿形成，需要对脓肿切开引流。此外，附睾炎发作时，饮食清淡，禁止一些辛辣刺激性的食物，禁止饮酒。