肠胃炎需要与急性腐蚀性胃炎、急性阑尾炎、胆囊炎、胆结石、急性胰腺炎、心肌梗死等疾病相鉴别。
上述疾病有可能会出现上腹部疼痛、恶心、呕吐等症状，与肠胃炎的症状有所相似，因此还需要注意观察患者是否有其它的临床表现，比如胆囊炎、胆结石的患者。如果出现反复的上腹部疼痛，并且有巩膜皮肤黄疸、墨菲氏征阳性，做肝胆B超时可以明确疾病的诊断。
胆囊炎、胆结石的治疗与肠胃炎的治疗有所区别，肠胃炎主要是使用胃肠粘膜保护药物。胆结石、胆囊炎主要的用药是解痉止痛以及抗感染。