输尿管口囊肿的治疗，应该根据输尿管口囊肿的大小及引发的症状制定个体化的方案。
1、输尿管口囊肿较小，无明显的不适，一般不需要治疗。
2、出现排尿困难、尿路感染、输尿管结石、肾脏积水等表现，但是肾脏功能是良好的，可行经尿道膀胱镜下输尿管口囊肿切开的微创手术。
3、存在重复肾脏、输尿管畸形，发生严重的输尿管扩张及肾脏积水，如上边的肾脏功能已经丧失，可行肾脏及输尿管部分切除术。如果上边的肾脏功能良好，可行输尿管口囊肿切除、输尿管膀胱吻合术。