宝宝拉的屎酸臭，最为常见的原因可能是消化不良。如果宝宝食用了太多含有高糖类、高蛋白质的食物，容易超出宝宝的消化功能，导致食物在肠道内难以被完全消化吸收，过长时间停留在肠道内，产生发酵反应就会造成屎酸臭。
也可能为急性肠炎所引起，通常是由于宝宝受到细菌或病毒感染所致。由于肠道当中存在细菌或病毒，这些病原体容易造成肠道内的食物发酵，也会引起屎酸臭。
此外，如果宝宝正处于乳类喂养时期，可能是宝宝存在牛奶蛋白过敏或乳糖不耐受的情况，进而造成屎酸臭的现象。