药物治疗房颤，它的缺点主要有以下几个方面：
第一，就是用药的时间非常长，甚至需要终生用药治疗，因为药物治疗房颤一般选择的药物，主要是控制房颤患者的心室率，避免心室率过快；再就是抗凝药物预防心脏内的血栓形成，这些药物都只能控制症状并不能使房颤彻底治愈，所以它的治疗是长期的，只要房颤没有消失就需要长期用药。
第二，需要定期去医院复查，复查的目的，一是看患者心室率控制是否符合要求；二是看使用抗凝药物以后，它的剂量是否合适。因为抗凝药物剂量不足，达不到抗凝效果，剂量过大有可能导致出血，所以需要定期的化验凝血酶原时间，并根据化验的结果调整抗凝药物的剂量。