患有扁平疣是可以打HPV疫苗的。扁平疣是感染了低危类型的人类乳头瘤病毒，HPV疫苗主要是预防高危类型的人类乳头瘤病毒感染，所以两者并没有直接影响。按照疗程注射能够产生抗体，就能够达到预防的作用。
需要去正规的医疗机构进行注射疫苗，根据个人的年龄选择合适自己类型的HPv疫苗。临床上常见的类型有三种：一种是二价疫苗，另一种是四价疫苗，第三种是九价疫苗。也就是分别预防：二种、四种、九种高危类型的人类乳头瘤病毒。
九价疫苗适用于十六周岁到二十六周岁的年龄；四价疫苗适合二十岁到四十五周岁；二价疫苗适合九周岁到四十五周岁。