水蛭具有破血通经、逐瘀消癥的作用。临床上可用来治疗血瘀经闭、中风偏瘫、跌打损伤等疾患。
现代药理学研究表明：水蛭有溶栓作用，因为水蛭含有水蛭素。这个水蛭素有抗血小板聚集和溶解凝血酶所致的血栓的作用；水蛭有增强心血管的作用。水蛭可以增强心血管的功能，增加心肌营养血流量的作用；水蛭有降血脂的作用、水蛭能使血中的胆固醇甘油三酯含量降低，同时使主动脉冠状动脉斑块消退明显；水蛭有终止妊娠的作用。
水蛭的禁忌症是体弱血虚、无瘀血停聚及孕妇是禁止使用水蛭的。