儿童癫痫的病因主要有遗传性、结构性、代谢性、感染性还有原因不明性的病因。
遗传性的病因都和基因的变异有关系，儿童大脑皮质发育的异常、发育的不良也会引起癫痫。结构性的病因包括头颅的外伤、脑部的肿瘤、脑血管的病变。代谢性的病变包括高热、低钠血症、低钙血症、中毒、病毒或细菌感染导致的脑炎、脑膜炎也会引起癫痫。有些患儿即使做了全面的检查，仍然难以找到引起癫痫的明确病因，称之为原因不明性的癫痫，有些癫痫的病因是儿童特有的，有些是所有年龄的人都有可能发生。
在诊断癫痫之后要进一步仔细的寻找癫痫的具体病因。