肾结石的治疗主要包括结石的治疗及相应症状的治疗。相应症状主要是针对性治疗，包括肾绞痛时止痛治疗，合并感染时应用抗生素治疗。
对于肾结石的治疗，当结石体积小于0.6厘米时，可以用药物保守治疗排石。如果药物排石失败或者是结石的体积超过0.6厘米，但小于两厘米可以选用体外冲击波碎石。
如果体外冲击波碎石失败，或者结石为复杂性结石并且体积较大，可以选择手术治疗，包括经脾肾镜治疗、输尿管软镜治疗、开放手术。