胎儿酒精综合征通常会导致新生儿的肾脏、骨骼出现问题，并且存在学习障碍、记忆力减退、智商低等情况；婴幼儿的面部还会出现畸形，表现为面中部比较狭长、眼裂变小、小鼻畸形等。
在产前，女性出现流产的概率较高，在出生以后，小儿的身材比较矮小，体重过低，并且喂养起来比较困难。此外，有部分患儿的中枢神经系统也会出现异常，主要表现为运动异常、心理发育异常、听力和语言发育异常等。
如果不及时地进行治疗，很可能会引起泌尿系统异常、眼部异常、骨骼系统异常等并发症。