先天性肛门闭锁和低位阴部瘘完全不一样，而且区别很大。先天性肛门闭锁是指患儿的肛门完全呈封闭状态，无法排出大便和黏液，需要紧急做手术处理，否则患儿会因为完全性机械性肠梗阻，进而引起多脏器功能衰竭，最终可能会死亡。
而低位阴部瘘是指患者的会阴部与肛门以上的直肠黏膜之间存在一个瘘道，患儿的大便或者是肠道其他的黏液内容物可以同时从肛门排出以及会阴部的这个瘘道排出。
像这种情况就不需要紧急手术，可以等到孩子的身体条件允许的情况下择期手术治疗。由此可见，肛门先天性闭锁和低位阴部瘘病情不一样，治疗方法也不同。