咽肌麻痹常见症状，会因吞咽功能受到影响，而导致无法正常进食。病变之初，进食流质食物有困难，使用固体食物无阻挡。但随着病情逐渐发展，食物常会停滞在咽喉部，因此有误入呼吸道的危险。
经检查可见软腭缺乏张力，通过发啊声检查时，软腭会向健侧移动，而患侧软腭不能上举。如果两侧麻痹，软腭松弛下垂，会完全不能上抬，而且咽肌麻痹在梨状窝中，可见唾液或食物滞留。
因咽肌麻痹而导致进食困难的患者，为了维持营养，宜插鼻饲管，也可有效防止吸入性肺炎的发生。