附睾结核和慢性附睾炎的主要区别是致病菌不同。
附睾结核是明确由结核杆菌感染引起，常继发于泌尿道其他部位的结核，致病菌通过下行感染，或者是通过血液、淋巴等途径，导致附睾部位被感染。而慢性附睾炎常见于大肠杆菌感染，常见于泌尿道感染未得到及时、规范的治疗，致病菌逆行感染至附睾而发生炎性反应。
临床结合结核菌素试验、附睾彩超等相关检查，一般可做出明确的鉴别诊断。再根据检查的提示针对性地给以异烟肼、利福平或者是喹诺酮类敏感抗生素进行抗炎、对症治疗。