梅毒性巩膜炎要想确诊首先需要完善眼科方面的检查，一般可利用裂隙灯观察巩膜的情况。一般并发巩膜炎的时候，巩膜的血管会出现充血，且按压眼球时会出现明显的疼痛。此外还需要完善眼B超和眼眶CT、眼底等检查，从而明确眼周和眼底视网膜的情况。
梅毒性巩膜炎大多是由于梅毒螺旋体感染所致，所以还需要完善梅毒相关免疫学检查。同时检查全身其他部分是否已经出现了梅毒I期或者II期的病变。
一旦确诊梅毒患者，这个时候出现了巩膜炎，就可以考虑诊断为梅毒性巩膜炎。