一般如果双侧的卵巢囊肿，而且囊肿比较大，往往就会影响怀孕，会影响排卵，会导致不孕。还有一些巧克力囊肿，也会影响卵巢的功能，会抑制排卵。一些小的卵巢囊肿，尤其是单侧的，一般对怀孕的影响是很小的。
卵巢囊肿，会不会导致不孕，是根据具体的情况而定的。如果患有卵巢囊肿，又准备怀孕，怀孕之前还是要到医院里进行检查。如果囊肿比较大建议先行卵巢囊肿剥除术以后再去备孕。
如果是巧克力囊肿，也建议行手术剥除囊肿后再怀孕，卵巢囊肿行手术治疗以后大多数并不影响怀孕。