甲状腺囊肿不会自愈，考虑都是一种良性病变，但有可能加重等情况，需要先到医院检查，做一些相关的测定，比如检查甲状腺功能等情况。甲状腺囊肿一般是不会引起恶变，但是如果过大等情况，或者出现局部感染等。不能排除有恶变的可能，同时及时的做一些相关的检查，局部穿刺处理，确定性质。
治疗方面主要是以手术治疗为主，目前唯一根治治疗的方法。如果没有症状，甲状腺当中比较小，是不需要手术处理的，定期的复查就可以，复查时间为一年左右。保持良好的生活习惯，提高机体的抵抗能力。