发生骨髓移植的时候，病人有可能会出现移植物抗宿主病，主要是由于移植后，异体的供者移植物中的T淋巴细胞，以受者靶细胞为目标，发动细胞毒攻击，其中皮肤、肝脏和肠道是主要的靶目标。
根据移植物抗宿主病在移植后发生的时间，可以分为急性的移植物抗宿主病和慢性的移植物抗宿主病。
急性的移植物抗宿主病，是在移植后100天之内发生，主要是以甲基强的松龙静脉注射为主，发生越早，预后越差。
慢性的移植物抗宿主病是，指的在移植后100天之后到一年半发生的，经常可以使用强的松龙加硫唑嘌呤，来进行治疗。如果是患者伴有血小板减少，也可以使用强的松龙加环孢素A来进行治疗。