肛裂因为存在有溃疡的小裂口，所以要使用一些具有消炎作用的药膏涂抹在裂口。一些具有消炎作用的抗菌凝胶，也可以注入肛内，再配合使用一些具有消肿止痛的中药熏洗肛门。
如果有便秘的患者，最好还要加用通便的泻药，多种方法共同使用，新鲜的肛裂应该很快就会愈合。但前提是肛裂的病史不能过长，是新鲜的。如果肛裂病史很长，为陈旧性的肛裂，不建议使用药物保守治疗。
因为陈旧性的肛裂裂口，基底部已经形成了瘢痕，瘢痕组织对药物吸收利用率很低，所以起不到好的治疗效果，既浪费了金钱，又延误了病情。遇到这种肛裂，只能进行手术切除肛裂的裂口，术后肛裂才能逐渐愈合。