脑脓肿部分患者需行手术治疗，脑脓肿可以分为急性脑炎阶段、化脓阶段及脓肿包膜形成阶段。脑脓肿的治疗主要以抗生素抗感染治疗为主，抗生素的使用需正确、足量及足够疗程。
腰椎穿刺或腰大池引流及鞘内注射万古霉素也是非常重要的手段，脑脓肿形成以后，对于脑脓肿位于表浅部位、孤立且占位效应明显、脓肿壁较厚，引起神经功能障碍者需采取手术治疗。
但对于多发散在脑脓肿，位置较深但无功能障碍，薄壁脑脓位于脑室壁旁者可考虑采取保守治疗并进一步观察。