角膜基质炎症如果不积极进行治疗，会导致局部的病灶范围扩大，进一步向角膜下层组织内浸润。因此，可能会导致病灶处的角膜组织发生穿孔、溃疡。
此外，局部病情控制之后，可能会在角膜基质层形成明显的瘢痕组织。因此，患者会出现视力下降。而角膜基质炎大多是由于病毒感染导致，且治疗起来周期相对较长。
所以，为了避免严重的并发症，最好在发现角膜基质炎之后，及时使用抗病毒的药物进行治疗，同时联合口服抗病毒药物。必要时可使用激素类眼药水，从而尽快控制炎症反应，但一定要遵医嘱用药。