长期便秘的患者灌肠可以缓解症状，但是不建议长时间频繁灌肠。
频繁灌肠注入患者体内的液体较多，被肠道吸收后加重肠道负担，引起心脏负荷过大，导致心力衰竭、水电解质紊乱失衡、肠内菌群失调、局部感染扩散等情况，同时可导致肛门括约肌更加松弛，影响到正常排便反射。灌肠时如果手法操作不当，导致直肠炎、直肠溃疡、直肠穿孔、腹膜炎，严重时可有生命危险。
频繁灌肠也能肛门损伤，引起肛窦隐窝感染，使其感染沿直肠周围间隙蔓延，形成肛周脓肿，进而形成肛瘘等并发症。