对于水中毒的患者，轻症经过积极治疗以后通常并不会留有后遗症，但是严重的水中毒是有可能存在后遗症的。
对于轻症水中毒的患者控制水的摄入量，或者通过利尿的方式排出体内多余的水分，症状能够自行缓解，通常预后较好，并不会有后遗症的出现。严重的水中毒，如果不能积极、有效的治疗，可能会造成患者的神经系统永久性的损伤。
还可能留有肺水肿、脑疝等后遗症，这些情况会导致患者出现头痛、视物模糊、精神错乱、饮水呛咳，甚至出现永久性的神经系统受损等情况。