伊藤痣与咖啡斑的区别在于发病的原因、皮肤表面的形态。
从发病原因角度考虑，伊藤痣与遗传因素有一定的关系。而咖啡斑除了会因为遗传而引发，还可能与自身的免疫力降低，或者是体内激素水平分泌的混乱有一定的关系。
而从皮肤表面的形态考虑，伊藤痣是后发在肩背部位的一些色素沉着性斑块，早期的时候色素沉着面积比较小，后期会逐渐向周围扩散，形成大片的色素沉着。过一段时间有可能会消退，也有可能不会消退。而咖啡斑则是一些散在的斑片，一般直径不会特别大，可能会与神经纤维瘤同时出现，也可以自己单独出现，可以遍布全身任何部位。