真菌感染往往都是继发性的感染，当人体抵抗力正常时很少会发生真菌的感染。
导致人体抵抗力下降的原因有很多，有些中老年患者身体素质逐渐下降会使抵抗力下降，容易发生真菌的感染。有些患者由于某些疾病长期使用糖皮质激素，糖皮质激素会对人体的免疫力造成损伤，导致患者的免疫力低下，也是发生真菌感染的一个原因。
有些人长期滥用抗生素，抗生素可以将体内的细菌杀死，细菌就会失去对真菌的抑制，也会导致患者发生真菌感染的风险升高。