胸腺肽的副作用主要体现在三个方面：首先是一般的副作用，例如恶心、呕吐、体温升高、胸部憋闷等现象，部分病人还会有昏睡，精神不振等表现。
另外，胸腺肽的应用在一定程度上也能够影响肝功能。胸腺肽最严重的副作用就是过敏反应，这种情况比较危急，一旦出现应该立即停止给药并且进行急救处理。
胸腺肽的使用注意事项：要在使用前，评估患者状态。尤其是有无过敏反应，用药期间要定期的复查肝功能，对于孕产妇以及18岁以下的病人，用药要慎重。另外，在胸腺肽应用时，要注意药物之间的相互作用，个体化给药，合理调整剂量。