生殖器结核最常见的并发症就是不孕不育。
生殖器结核可以发生于生殖系统的各个部位，主要以输卵管的部位居多，另外还有子宫内膜结核、卵巢结核、盆腔腹膜结合等。因为结核杆菌的侵犯，会导致输卵管粘连堵塞、子宫内膜破坏、盆腔粘连，所以就可以引起继发性不孕。
另外因为子宫内膜形成很多溃疡，所以会引起月经失调、经量增多，从而导致失血性贫血，到了后期功能层破坏严重又会引起子宫性闭经，这种疾病对身心都有创伤，有的患者会因此而导致精神方面的疾病，如抑郁症、焦虑症。