真菌感染不同的部位，可给予不同的方法进行治疗。
真菌感染主要包括浅部真菌病、皮下组织真菌病、深部真菌病以及系统性真菌病。比如体癣、头癣、花斑癣、手足癣属于浅部真菌病，而足菌病、着色芽生菌病，是属于皮下组织真菌病。念珠菌病、隐球菌病、毛菌病，属于深部、系统性的真菌疾病。
如果是浅部真菌病，通常是以外用抗真菌的软膏外用治疗为主，比如酮康唑、硝酸咪康唑软膏等。真菌感染的面积比较大，还需给予口服抗真菌的药物，比如伊曲康唑胶囊等。对于皮下真菌病和深部的真菌病，需要给予系统抗真菌药物治疗。